На юге Алькисар омывается Карибским морем, на севере граничит с муниципией Сан-Антонио-де-лос-Баньос, на западе — с провинцией Пинар-дель-Рио, на востоке — с муниципией Гуира-де-Мелена.

Рельеф Алькисара равнинный, так как его территория составляет часть Южной карстовой равнины. Побережье заболочено на 4 км в глубь страны. Кроме Гуанимара, который берет начало между равниной и болотами, и Капельяниаса, исчезающего в пещере около границы с Пннар-дель-Рио, здесь нет сколько-нибудь значительных водотоков. Очень плодородные красноземные почвы этой муниципии орошаются с помощью колодцев; из них добывают и питьевую воду.

На возвышенности Гуанимара расположена деревушка, жители которой объединились в рыболовецкий кооператив. В это живописное местечко, где побережье окаймлено гирляндой островков, а воды богаты рыбой, приезжает много отдыхающих. Стимул к экономическому развитию муниципии дали кофейные плантации. В 1616 г. в поместье капитана Санчо де Алькасара была разбита первая плантация, за которой последовали другие. Особенно интенсивно культивировался кофе в начале XIX в., когда здесь поселились французы, эмигрировавшие из Санто-Доминго. Позже кофе был вытеснен сахарным тростником и табаком.

Эта муниципия выделилась в 1870 г. из территории Сан-Антонио-де-лос-Баньос. Шоссе соединяет Алькисар с муниципиями: Артемиса, Гуира-де-Мелена, Сан-Аптонио-де-лос-Баньос и Вереда-Нуэва. По территории Алькисара проходит железная дорога Гавана — Пинар-дель-Рио. Алькисар специализировался на табаководстве. Кроме того, здесь выращивают овощи и фрукты.