Гуанахай находится к западу от Гаваны. На севере муниципия граничит с Мариелем, на западе — с Кабаньясом и на юге —с Арте-мисой. С востока на запад всю территорию Гуанахая пересекает гряда Хобо. На востоке она смыкается с плато Меса-де-Анафе, отвесные склопы которого усеяны многочисленными пещерами.

Меса-де-Анафе — это смятая в складки синклиналь, прорезанная рядом параллельных каньонов глубиной до 50 м. В склонах этих каньонов обнаружены скелеты ископаемой фауны плейстоцена. Очевидно, каньоны образовались по вертикальным трещинам, и животные, попав в эти ловушки, не могли выбраться на поверхность. Из рек района наибольшей известностью на Кубе пользуется маленький Капельяниас. Пересекая город Гуанахай, он течет на юг и исчезает в пещере около железнодорожной станции Дагаие в муниципии Артемиса. С северного склона спадают реки Синк, Канто и многочисленные мелкие водотоки.

Заселение этой территории началось в 1623 г., когда ее земли были пожалованы Гаспару Рею де Баррото для разведения скота. Муниципия создана в 1847 г., а ее административный центр — город Гуанахай заложен около 1695 г. на землях поместья Эль-Хибаро. Гуанахай обслуживается Центральным шоссе и дорогой, ведущей к Мариелю. Главные культуры — сахарный тростник, табак, овощи, фрукты. Крупного рогатого скота — 7453 головы.